自然流产后孕囊通常会在1至2周内排出，但具体时间因人而异。

孕囊是早期妊娠的重要标志，是原始的胎盘组织，被羊膜、血管网包裹的小胚胎。在自然流产过程中，孕囊会从子宫壁上脱落，并通过阴道排出体外。一般来说，孕囊排出时可能伴有阴道流血和下腹疼痛等症状。如果孕囊未能完全排出，可能会导致持续的阴道流血、感染或其他并发症。如果自然流产后出现大量阴道流血、持续腹痛或其他异常症状，应及时就医，进行超声检查等以确定孕囊是否完全排出，并采取相应的治疗措施。

需要注意的是，自然流产可能是多种原因引起的，如胚胎染色体异常、母体疾病、环境因素等。对于反复自然流产的患者，建议及时就医进行详细的检查和评估，以确定病因并采取相应的治疗措施，以提高下次妊娠的成功率。